Kvasinková RNA polymeráza II (RNAPII) syntetizuje RNA kódující proteiny i nekódující RNA. Existují dva mechanismy terminace transkripce zprostředkované RNA polymerázou, přičemž oba jsou regulovány fosforylací C-terminální domény (CTD) RNAPII. Při terminaci transkripce nekódujících molekul RNA, fosforylovaný serin v pozici 5 slouží jako signál k interakci CTD-interagující domény (CID) proteinu Nrd1, který je podjednotkou terminačního komplexu Nrd1p-Nab3p-Sen1p (NNS). Transkripty nekódujících RNA jsou poté polyadenylovány komplexem proteinů Trf4p/Air1p/Air2p/Mtr4p (TRAMP4), na což navazuje procesování 3’-konce nebo degradace jaderným exosomem. V případě terminace transkripce mRNA, fosforylovaný serin v pozici 2 v CTD je rozlišen CID doménou proteinu Rtt103p, který tvoří komplex s Rai1 a 5’

• 3’ exoribonukleázou Rat1p, který je zodpovědný za terminaci transkripce.

V předkládaném grantovém projektu plánujeme objasnit molekulární charakter interakce mezi CID doménou Rtt103p a komplexem TRAMP4 a odhalit, zda tato interakce hraje klíčovou roli v kontrole kvality mRNA nebo terminaci transkrip