Informace o projektu
ELIXIR-CZ: Budování kapacit (ELIXIR-CZ)

Informace

Projekt nespadá pod Přírodovědeckou fakultu, ale pod Ústav výpočetní techniky. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.

Kód projektu

CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001777 (kod CEP: EF16_013/0001777)

Období řešení

5/2017 - 4/2021

Investor / Programový rámec / typ projektu

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR

OP Výzkum, vývoj a vzdělávání (OP VVV)
PO 1 Posilování kapacit pro kvalitní výzkum

Fakulta / Pracoviště MU

Ústav výpočetní techniky

Další fakulta/pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Spolupracující organizace

Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
CESNET z.s.p.o.
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Biotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.

Primárním cílem projektu ELIXIR-CZ: Budování kapacit je pořízení a správa výpočetních a úložných kapacit a odpovídajícího programového zázemí výzkumné infrastruktury ELIXIR CZ. Pravidelnými každoročními investicemi bude vytvořeno technické i programové zázemí, určené specificky pro výzkumnou komunitu věd o živé přírodě v rámci ČR. Tato e-infrastruktura rovněž podpoří zapojení ČR do mezinárodních aktivit, a to jak v projektu ELIXIR EXCELERATE, tak v celé řadě implementačních a pilotních aktivit mezinárodní komunity ELIXIR. Souběžným cílem bude podpora a realizace tří tzv. in house podprojektů, z nichž jeden je zakotven na MU (CEITEC), další dva pak v partnerských organizacích (Biologické centrum. Biotechnologický a Mikrobiologický ústav AV ČR a VŠCHT. V rámci těchto projektů bude probíhat výzkum na jedné straně dále rozvíjející vlastní infrastrukturu ELIIXIR-CZ. Současně i demonstrující její přínos při podpoře vlastního výzkumu. Konkrétně takto budou podpořeny podprojekty Annotation and validation of macromolecular structure in PDB and EMDB archives, Implementace analýz dlouhých sekvenačních čtení do bioinformatického nástroje RepeatExplorer a jejich aplikace na strukturní analýzu vysoce repetitivních oblastí genomů rostlin (BC) a Platforma pro analýzu strukturně funkčních vztahů nukleových kyselin (VŠCHT, BTÚ a MBÚ).

Publikace

Počet publikací: 16

2019

Automated family-wide annotation of secondary structure elements

MIDLIK Adam HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana HUTAŘ Jan MOTURU Tarakaramji NAVRÁTILOVÁ Veronika KOČA Jaroslav BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka

Kapitola v knize

Protein supersecondary structures: Methods and protocols, vydání: Vyd. Second Edition, rok: 2019, počet stran: 25 s.
Rapidly Display Glycan Symbols in 3D Structures: 3D-SNFG in LiteMol

SEHNAL David GRANT O.C.

Článek v odborném periodiku

Journal of Proteome Research, rok: 2019, ročník: 18, vydání: 2, DOI
ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user

HORSKÝ Vladimír BENDOVÁ Veronika TOUŠEK Dominik KOČA Jaroslav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka

Článek v odborném periodiku

Bioinformatics, rok: 2019, ročník: 35, vydání: 24, DOI
ValTrendsDB: Database of biomacromolecular structure validation trends

HORSKÝ Vladimír BENDOVÁ Veronika TOUŠEK Dominik KOČA Jaroslav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka

Software

Rok: 2019

2018

MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update)

PRAVDA Lukáš SEHNAL David TOUŠEK Dominik NAVRÁTILOVÁ Veronika BAZGIER Václav BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

Článek v odborném periodiku

Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: W1, DOI

2017

LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data

SEHNAL David DESHPANDE Mandar SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka MIR Saqib BERKA Karel MIDLIK Adam PRAVDA Lukáš VELANKAR Sameer KOČA Jaroslav

Článek v odborném periodiku

Nature Methods, rok: 2017, ročník: 14, vydání: 12, DOI