Informace o projektu
Specifické iontové efekty pro proteiny v roztocích a podobné biologicky relevantní systémy
- Kód projektu
- GA203/08/0114
- Období řešení
- 1/2008 - 12/2012
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Klíčová slova
- ionty solí, enzymatické reakce, membrány, molekulová dynamika, fluorescenční spektroskopie
- Spolupracující organizace
-
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
- Odpovědná osoba doc. Martin Hof, Dr.
- Odpovědná osoba Doc. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc.
- Odpovědná osoba Doc. RNDr. Rüdiger Ettrich, Ph.D.
Mechanismus hydratace iontů a interakce iontů s biomolekulami hrají důležitou roli v mnoha přírodních a biotechnologických procesech. V rámci tohoto projektu plánujeme kombinovat výpočetní a experimentální nástroje s cílem dojít k základnímu porozumění těchto interakcí na molekulové úrovni. Soustředíme se na iontově specifické interakce s proteiny ve vodných a nevodných roztocích a na lipidových membránách. Pečlivě naplánované simulace molekulové dynamiky a expeerimenty nám vposledu dovolí formulovat obecná pravidla, řídící interakce biologicky relevantních iontů se solvatovanými proteiny a membránami, a racionalizovat iontové efekty na aktivitu enzymů.
Publikace
Počet publikací: 37
2009
-
Engineering of tunnels in proteins with buried active sites
Rok: 2009, druh: Vyžádané přednášky
-
Chiral Aliphatic Hydroxy Compounds in Nature: a Review of Biological Functions and Practical Applications.
Collection of Czechoslovak chemical communications, rok: 2009, ročník: 74, vydání: 7-8
-
Pathways and Mechanisms for Product Release in the Engineered Haloalkane Dehalogenases Explored using Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations.
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, rok: 2009, ročník: 2009, vydání: 00
-
Quantitative Analyses of Substrate Specifity of Haloalkane Dehalogenase
Rok: 2009, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Redesigning Dehalogenase Access Tunnels as a Strategy for Degrading an Anthropogenic Substrate.
NATURE CHEMICAL BIOLOGY, rok: 2009, ročník: 0000, vydání: 5
-
Role of tunnels in enzymes
Rok: 2009, druh: Další prezentace na konferencích
-
Study of water molecule dynamics at the tunnel openings of haloalkane dehalogenase
Rok: 2009, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)